نشأ هذا الدير في اواسط القرن السابع عشر مؤلفاً من معبد للقديس يوحنا الملقب بالصابغ او المعمدان وثلاث قلالي، ليكون منسكا وبيت عبادة. يقوم على طبقة صخرية عالية ، فصلتها عن الطبقة المقابلة عوامل الطبيعة في سحيق العصور، بوادي عيسى ونهرها الشتوي الذي لا يغادرها إلا جاعلاً من جنباتها مراعي طيبة ، ورياضاً عابقة اجواؤها بأريج الازاهير، وانغام الحساسين والشحارير في اول آب ۱۷۱۰، أتي الدير الراهب البلمندي القس سليمان كسرى الحلبي الملكي الكاثوليكي، رسولا من قبل رفاق له في التوحد الرهباني، من دير سيدة البلمند، يرغبون معه في تأسيس دير توحدي كاثوليكي قانوني، فوجد فيه ضالتهم المنشودة، نظرا لعزلته، وسكينته ، وطيب هوائه، وكثرة مائه ، فاتفق مع المتولي عليه الخوري رزق الله صوايا الشويري ، على العيش معه، متعهدا له برعايته رعاية اخوية مخلصة ، كما انه ظفر بموافقة امير المنطقة اللمعي ، وغبطة البطريرك كيرلس زعيم ، على استلام الدير، وتحقيق المشروع الرهباني التوحدي فيه.
لم يلبث البعض من رفاقه البلمنديين ان تبعوه ، فبنوا قلالي جديدة لسكناهم وابتاعوا من الامير نجم اللمعي حاكم المنطقة، مزرعة وماءها ،تدعى بيت عيال، ثم أقاموا عليهم رئيسا ، وعاشوا حافظين العفة ، والطاعة ، والفقـر واخذ من ثم طلاب الكمال الرهباني يتواردون عليهم ما عدا افعال العبادة والتزهد التي كانوا يمارسونها بدقة، قاموا باعمال رسولية خيرة ، كانوا الفوها على يد الآباء اليسوعيين ، كالوعظ وتوزيع الاسرار ، في الأوساط المسيحية العديدة ، فكانت على يدهـم ثورة روحية كاثوليكية ، أسفرت عن تأسيس رعايا مزدهرة ايمانا وتقوى؛ ولما كثر عددهم ، وانضمت اليهم بعض الاديار الملكية في لبنان وسوريا، نشطوا الى معالجة التخلف الثقافي والمهني، بتأسيسهـم، في اديارهـم ومراكزهم ، المدارس الوطنية ، منذ سنة ١٧٣٥، كما أنهم جعلوا من هذه الاديار والمراكز مواطن لصناعات عديدة مارسوها، كالنجارة والحدادة ، والحياكة ، وفن
الطبابة القديم ، لمعالجة الامراض والاوبئة ، ولعل أجدى فن مارسوه على الصعيد الاجتماعي الثقافي، فن الطباعة بالحرف العربي.
ودير القديس يوحنا الصابغ وابنيته الحالية، هو دير جامع للدوائر التالية :
دائرة الرئاسة العامة ، ودائرة رئاسة الدير وجمهور الآباء، ودائرة الابتداء، ودائرة الضيوف، ودائرة الاكليريكية، ومعهد الطلاب العوام، ودائرة المطبعة القديمة، والمعابد الثلاثة : القديم (بني نحو سنة ١٦٧٠) وكنيسة القديس نيقولاوس بنيت سنة ١٧١٩، وكنيسة السيدة العذراء الجديدة.
